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微软首席律师Brad Smith日前在一次《财富》杂志访谈中指责Linux等开源软件侵犯了微软公司多项专利。Linux核心侵犯了42项，其用户界面和其他方面又侵犯了65项。OpenOffice.org则侵犯了45项，其他开源软件侵犯了83项。 微软公司尚未明确表示会采取何种行动，但是从微软公司与Novell去年9月签订的协议推断，微软公司的意图应该是那些依赖Linux的公司与之签署专利使用协议。微软公司与三星公司以及Fuji Xerox公司的专利共享协议中也涉及了Linux专列方面的内容。《财富》杂志还透露微软公司与Red Hat公司进行了商谈，但是目前尚未达成协议。
微软首席执行官史蒂文·鲍尔默指出开源软件公司“需要遵守同样的游戏规则。这是很公平的，知识产权保护对大家都是平等的”。
Linux方面也早有防备，一些支持Linux的巨头如索尼，Red Hat，IBM，NEC和飞利浦在2005年成立了“ 开源发明网”。文章指出如果微软公司发起攻击，这些公司会用专利武器进行反击。
考虑到现在开源软件已经在计算领域盘根错结，对开源软件提起诉讼将会是一件十分复杂的事。使用开源软件的用户非常多，而且许多大公司是它的支持者，这里面包括有IBM，戴尔，SUN，惠普，摩托罗拉以及甲骨文。
专利与开源软件的关系一直很尴尬。专利法的原则是保护专利持有人享有特权，而开源的思想则是免费共享。新的开源软件许可证有时候要求软件作者授予软件使用人以及开发者永久，免费使用相关专利的权利。
对于开源软件的专利问题各家公司的做法不同。HP公司采用的是“重视专利”政策，IBM，诺基亚，SUN以及其他一些公司把自己的一些专利授权给开源软件。
“开源发明网”虽然成立不久，但是已经获得了甲骨文以及Canonical的支持。在网络内的公司只要保证不会就Linux的专利问题提起诉讼，就可以与其他软件公司的Linux环境下的专利进行共享。
自由软件基金会目前正起草一份新的通用公共许可证，可能会采取手段限制Novell与微软这样的合作。
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